일본 언론이 분석한 결과 일부 자치단체는 재정 규모에 비해 기부금이 너무 많다는 이유로 상당수가 기금의 구체적인 사용처를 정하지 못한 채 계속 쌓아가고 있으며 급증하는 기부금을 효과적으로 활용하지 못한다는 비판이 나온다.

일본 지자체의 기금은 세입 감소에 대비하는 「재정 조정 기금」, 지방채의 변제에 충당하는 「감채 기금」, 특정 사업을 위한 「특정 목적 기금」이 있는데 고향납세 기부금의 대부분은 특정 목적 기금에 적립돼 있다. 총무성의 자료를 분석하면, 전체 1,741개 시·구·정·촌(시·읍·면·동)의 특정 목적 기금의 2021년도 말 잔액은 합계 8조 4,857억엔(약 73조 6,709억 2,963만 원)으로, 2017년도 말부터 6,793억 엔 증가했다.

인구 1인당의 기부액이 많았던 상위 50 시·읍·면을 보면 합계 1,905억 엔(약 1조 6,538억 7,795만 원)으로 2017년도 말(계 962억 엔, 약 8,351억 8,666만 원)보다 98% 증가했다.

기부액이 많은 이들 시·읍·면이 다른 시·구·정·촌과 비교해 증가 폭이 두드러졌다. 50개 시·읍·면은 인구 기준으로 일본의 0·4%에 불과하지만, 기부 총액의 17%(1,693억 엔, 약 1조 4,698억 2,434만 원)가 집중돼 있다.

또 지자체 재정 규모를 나타내는 지방세수와 비교하면 50개 시·정·촌은 2년 9개월치에 상당하는 기금을 적립한 것으로 나타나 이곳도 전체 시·정·촌(5개월치)을 웃도는 규모였다. 1인당 기부액이 229만 엔(약 19억 8,813만 원)으로 가장 많았던 와카야마현 기타야마촌은 세수 20년치 이상의 금액을 적립했다.

일본의 고향납세 기부액은 지난해 3년 연속 증가해 역대 최고치를 기록했다. 기부액은 3년 만에 거의 2배 수준으로 늘었다. 2022년도 고향납세 수입액은 약 9,654억 엔(약 8조 3,813억 8,462만 원)으로 전년 대비 1.2배이고, 수입 건수는 5,184만 건으로 전년 대비 약 1.2배이다.

고향납세 시 납세를 재원으로 실시하는 사업을 분야 별로 선택할 수 있게 한 자치단체는 전체의 93.9%인 1,677개 단체이고 크라우드펀딩 형태로 사업을 선택할 수 있게 한 자치단체가 337개 단체로 18.9%를 차지했다. 크라우드펀딩 형태 납세는 목표 금액, 모집기간을 정해놓고 특정 사업에 고향납세를 하는 것으로 총 펀딩 건수는 784개 사업이고 기부금 수입총액은 183억 8,600만 엔(약 1,596억 2,310만 원)이었다.

고향납세는 인기가 큰 만큼 일본에서도 논란이 작지 않다. 지자체의 유치경쟁으로 답례품 등 비용이 늘어나면서 실제 지역 활성화에 사용된 기부액은 전체 금액의 50% 수준에 그친다는 지적도 나온다.