제주특별자치도는 ‘제주특별법’의 우월적 법적 지위를 통해 일반법인 ‘지방세기본법’, ‘지방세법’, ‘조세특례제한법’, ‘지방세특례제한법’, ‘지방재정법’, ‘지방교부세법’ 등의 일반적 규정과는 다른 특별한 규정을 통해 자치재정권을 부여받거나 ‘제주특별법’의 법률적 위임을 통해 조례로서 차별적인 자치재정권을 운영하고 있다.

제주특별법에 규정된 재정특례를 요약하면 ①제주특별자치도세 등 지방세에 관한 특례 ②세액감면 및 세율 조정에 관한 특례 ③지방교부세에 관한 특례 ④지역발전특별회계 제주계정 특례, 그 밖에 지방채 발행특례, 공기업관리 특례 등이 있으며, 제주특별법 제4조에서는 국세세목 이양 또는 국세 징수액 이양 등 행·재정적 우대를 국가의 책무로 규정하고 있다.

그 밖에 국무총리실 제주특별자치도 지원위원회 의결(’08.6.3) 사항으로서 국세징수 증가율이 전국평균 초과시 ⑤재정인센티브를 제주특별자치도에 지급토록 하고 있다.

제주특별자치도가 출범한 이후 2006년부터 2014년까지 9년간 지방세 연평균 증가율은 10.2%로 전국 평균(5.3%)보다 2배 증가하고 있다. 이는 제주특별자치도가 세계 7대자연경관, 세계자연유산, 생물권보전지역, 세계지질공원으로 지정되면서 제주특별자치도의 가치가 증가됨에 따라 건설경기 및 토지거래가 활성화되는 등 지역경제에 커다란 변화를 가져왔고, 지방세 재정특례인 세율조정권 및 세액감면조정권을 통해 도외 유수기업을 유치함으로써 취득세 및 지방소득세 등이 크게 증가한 것으로 분석된다.

세액감면 및 세율조정 특례의 활용사례를 보면 중계경주분 레저세 감면(15~20%), 리스차량 취득세 인하(7%⇒5%), 항공기 재산세 인하(0.3%⇒0.18%) 등 저율의 세율을 적용했고, 지하수관련 지역자원시설세(100%가산 징수), 연금공단 등 9개 공공기관에 대한 감면축소(50%) 등 고율의 세율을 적용한 사례가 있다.

향후, 증가하는 복지수요 등 재정수요에 충당할 재원마련을 위하여 고급주택·별장·고급오락장에 대한 중과세 전환, 비과세 감면 축소, 신세원 발굴 등에 재정특례를 적극적으로 활용할 필요가 있다.

제주특별자치도의 보통교부세는 지방교부세에 관한 특례에 의해 보통교부세 총액의 3%(법정률)로 산정된다. 제주특별자치도와 같이 광역·기초자치단체가 통합된 자치단체는 현행 지방교부세법에 따른 보통교부세의 산정이 어렵기 때문에 특별자치도 출범 전 3년간 제주도, 제주시, 서귀포시, 북제주군, 남제주군의 보통교부세의 전국대비 비율을 고려해 법정률 3%가 산출되었다.

제주특별자치도는 보통교부세 법정률 제도를 통해 정부정책·자연적·사회적 제반여건 변동과는 별개로 안정적인 자주재원을 확보하게 되었으며, 신세원 발굴에도 다른 자치단체보다 유리한 위치를 갖게 되었다. 

하지만 기준재정수요액이나 기준재정수입액과 상관없이 내국세 증감에 연동해 보통교부세가 증감하는 보통교부세 법정률 제도는 제주특별자치도의 실질적 재정부족상태를 반영하지 못한 것이다. 이에 따라 제주지역 학계를 중심으로 보통교부세 법정률에 대한 논란이 현재까지 끊이지 않고 있다.

국가는 제주특별자치도 발전을 위한 안정적인 재정확보를 위해 중앙행정기관의 권한이양과 각종 국가보조사업의 수행 등에 소요되는 비용에 대해 지역발전특별회계 내에 ‘제주계정’을 설치해 운영하고 있다. ‘제주계정’에는 특별지방행정기관 이관 사무에 대한 보전비용, 자치경찰 인건비 등의 별도 항목을 개설해 운영하고 있으며 ‘생활기반 계정’과 ‘경제발전계정’의 국가보조사업도 포함하고 있다. 

그러나 제주특별자치도 출범 후 1~3단계 1705건 106억원, 4단계 2134건 140억원 등 중앙부처 권한이양 비용이 매년 발생하고 있으나 ‘국가균형발전특별법’에서는 특별지방행정기관 이관 사무 및 자치경찰 시행 이후 국가경찰 전환인력에 한해서만 국비를 지원하도록 규정하고 있어 중앙부처 권한이양에 대한 실질적 정부지원은 아직까지 전무한 실정이다. 특히 자치경찰 시행 후 127명으로 늘어난 자치경찰 인력 중 89명은 제주특별자치도가 부담하고 있는 실정이어서 지방재정부담이 가중되고 있다.

제주특별법 제4조 3항에서 국가는 국세의 세목을 이양하거나 제주특별자치도에 징수되는 국세를 이양하는 등 행·재정적 우대방안을 마련해 시행토록 규정하고 있으나 이에 대한 정부의 검토는 아직까지 이루어지고 있지 않고 있다. 이는 국제자유도시 완성을 위한 재정 자치권보장을 실질적으로 이룰 수 있는 최선의 특례가 될 수 있으나 정부에서는 ‘1국가 1조세 체제’ 원칙을 지켜야 한다는 입장이어서 국세 이양은 난색을 표하고 있는 실정이다.

대신, 2008년 6월 3일 국무총리실 제주지원위원회에서 ‘국세징수 재정인센티브’를 의결해 국세 초과징수액에 대한 일정부분을 지역발전특별회계로 지원하고 있다.

하지만, 실제 교부받는 인센티브는 국세 초과금액의 10%를 조금 상회하는 수준이며, ‘다음연도 요건 미달 시 2차년도분 미지급’ 등의 단서조항으로 다음연도 초과금액 미발생 시 이 금액의 절반도 교부받지 못하고 있는 실정이다.

제주특별자치도의 고도의 자치권을 보장하고 국제자유도시를 조성하기 위한 재원을 마련하기 위해서는 제주특별법에서 규정한 재정특례의 적극적인 활용이 필요하나 세율조정권 침해사례, 정부의 후속조치 미흡 등 많은 제약이 존재하고 있다. 제주특별자치도가 ‘홍콩’, ‘싱가포르’와 경쟁할 수 있는 국제자유도시로 발돋움하기 위해서는 앞으로도 많은 중앙권한 이양도 필요하지만 ‘제주특별법’에 근거한 재정특례 보장 등 이에 따른 국가의 행·재정적 지원이 절실한 실정이다.