국고보조금은 효율적 자원배분을 위해 필요한 제도이나, 과도한 지방비부담 등으로 지방자치단체의 자율성을 제한하며 적절하지 않은 사업들에 보조금이 지원됨으로써 효율적인 자원배분을 왜곡시키는 문제점이 있다. 이를 해결하기 위해 불필요한 국고보조사업의 축소, 기준보조율의 조정, 포괄보조금제도의 확대 등 여러 방안을 적극적으로 검토할 필요가 있다.

국고보조금의 의의
지방자치 시대의 지방자치단체는 원칙적으로 자신의 힘으로 재원을 거두어들이고 자기 책임하에 재정을 운영해야 한다. 지방자치단체의 세입과 세출 결정이 연계되어야만 효율적인 공급 의사결정을 할 수 있기 때문이다. 하지만 효율성과 형평성 측면에서 중앙정부가 지방자치단체에 재정적인 지원을 하는 것이 바람직할 수도 있다. 이러한 이유로 세계 여러 나라에서는 중앙정부가 지방자치단체에 재정적인 지원을 하고 있는데, 이러한 재원을 의존 재원(혹은 이전재원)이라 한다. 우리나라의 경우 지방교부세와 국고보조금이 이에 해당한다.

지방교부세(특히 보통교부세)는 비록 중앙정부로부터 이전되는 재원이지만, 그 빈도를 제한하지 않는 무조건적 보조금이기 때문에, 자체 재원과 마찬가지로 지방자치단체의 자주 재원적인 성격이 있다. 이러한 무조건적 보조금은 특히 지역 간의 재정적 불균형 문제를 해결하기 위하여 활용되고 있다.

국고보조금은 지방자치단체가 수행하는 특정한 사업을 지원하기 위해 국가가 교부하는 자금이다. 국고보조금이 활용되는 목적은 다음과 같다. 첫째, 어떤 지방자치단체가 제공하는 공공재가 다른 지역 주민에게 편익을 주는 경우 그 지방자치단체는 공공재의 양을 결정할 때 외부편익을 무시하게 된다. 이로 인해 공공재는 국가적 차원에서 볼 때 적정 수준 이하로 공급되므로 이 외부성을 해소하기 위해 중앙정부는 국고보조금을 지급한다. 둘째, 일부 보조 사업이 중앙정부가 권장하는 가치재라면 이를 중앙정부가 바라는 수준으로 증가하기 위한 유인책으로 국고보조금을 지급할 수 있다. 셋째, 국가적으로 결정된 최저 수준을 보장하기 위해 중앙정부는 보조금을 사용한다. 즉 특정 서비스에 대해 지방자치단체가 자발적으로 공급하는 수준이 중앙정부가 원하는 공급 수준에 미달할 때 그 차이를 상쇄하기 위하여 보조금을 지급한다. 넷째, 중앙정부의 거시경제적 선호를 반영하기 위해 국고보조금이 활용될 수 있다. 중앙정부는 국가의 총수요를 적정 수준으로 유지하고 사적 부문과 공공 부문 사이의 균형을 유지하기 위하여 지방자치단체의 지출 수준과 지출구성을 고려하게 된다. 다섯째, 성격상 국가가 수행해야 할 행정업무이지만 주민의 편의, 경비의 절감 등을 위해 지방자치단체가 수행하는 것이 국가적으로 효율적일 때 이를 지방자치단체가 담당하도록 위임하고, 이에 필요한 경비를 국가가 국고보조금의 형태로 교부할 수 있다.

우리나라 지방자치단체의 총지방 세입 구조를 살펴보면 <표 1>에서 보듯이 의존 재원, 특히 국고보조금의 비중이 계속 높아지는 것을 알 수 있다. 의존 재원 중 지방교부세의 비중은 2005년 15.60%에서 2010년 16.90%, 2015년 15.41%, 2018년 17.57%로 약간 상승하는 데 그치고 있으나, 국고보조금의 비중은 2005년 13.20%에서 2010년 19.20%, 2015년 19.53%, 2018년 18.14%로, 2005년 대비5%p 이상 높아졌다.

이렇듯 국고보조금이 빠른 속도로 증가한 이유는 특히 복지 보조사업이 가파르게 증대되었기 때문이다. 지방자치단체의 총세출 중 사회복지가 차지하는 비중은 2008년 21.4%에서 2017년 36.1%로 증가하였으며, 동 기간 동안 연평균 증가율은 21.57%로 나타나, 총세출의 연평균 증가율 8.27%에 비해 월등히 빠른 속도로 증가하였음을 알 수 있다. 이러한 사회복지 세출은 대부분 자체 사업이 아닌 중앙정부에서 주도하는 복지 보조사업을 위한 것이다.

국고보조금의 문제점 및 개선방안
일반적으로 국고보조금을 많이 확보하면 지방재정이 더욱 강화된다고 생각한다. 지방자치단체장이나 국회의원, 지방의원들도 국고보조금 확보를 자신들의 업적으로 크게 선전하고 있다. 하지만 국고보조금을 많이 확보한다고 반드시 좋은 것만은 아니다. 지방재정을 더욱 어렵게 할 수도 있고, 효율적인 자원배분의 걸림돌이 될 수도 있다.

우선 국고보조금은 중앙정부가 자금의 용도를 결정하기 때문에 국고보조금이 증가하면 지방자치단체의 재정적 자율성은 제한될 수밖에 없다. 더욱이 많은 경우 지방비 부담을 강제하는 일이 많아 국고보조금은 오히려 지방자치단체의 가용 재원을 축소하는 요인으로 작용하고 있다. 

<표 2>에서 보듯이 2019년 예산 기준으로 국고보조사업에서 지방비 부담액은 26조 5,000억 원으로 국고보조 사업비의 33.1%를 차지하고 있다. 즉 26조 5,000억 원의 지방자치단체 자주 재원이 국가사업에 활용됨으로써 자체 사업의 규모가 그만큼 축소되고 있다.

둘째, 많은 사업이 국고보조사업으로 적절하지 않다는 것 역시 문제점으로 지적될 수 있겠다. 국고보조금은 위에서 언급한 국고보조금의 목적에 합당한 사업들에 대하여 지원해야만 효율적인 자원배분을 달성할 수 있다. 
만약 그렇지 않으면 보조사업 선정 시 정치적인 논리에 따라 결정돼 자원배분을 왜곡시킬 가능성이 높다.
하지만 우리나라의 국고보조사업들이 이러한 목적에 합당하게 선정되는가에 대해서는 많은 학자가 의문을 제기하고 있다. 예를 들어 우리나라 국고보조사업의 일부는 국민의 선호가 지역 간에 큰 차이가 없는데, 이 경우 국민 전체 중위투표자와 지역의 중위투표자 선호 사이에 큰 차이가 없어 굳이 국고보조사업으로 선정할 필요가 없다는 점을 지적하기도 하고, 지방 혹은 광역사무임에도 필요 이상으로 재정 지원이 과다하게 투입되는 것을 지적하는 연구도 있다.

이상에서 언급한 문제들을 해결하기 위해서는 우선 국고보조사업으로 적절하지 않은 사업들을 찾아내야 한다. 
물론 국고보조사업으로 적절하지 않은 사업들을 걸러내는 작업이 용이하지 않지만, 국고보조금에 대한 대부분의 연구는 외부 효과의 정도, 혹은 법적인 검토 등을 주요한 판단 기준으로 제시하고 있다. 이러한 기준에 따라 국고보조사업을 정비한다면 상당수의 국고보조사업을 폐지할 수 있을 것이다. 물론 이러한 사업들은 자체 재원, 즉 지방세로 충당할 수 있도록 지방세를 확충해야 할 것이고, 이러한 제도적 장치가 마련되면 지방자치단체의 자치재정력은 크게 신장할 수 있을 것이다.

다음으로 국고보조금 보조율의 정비가 이루어져야 한다. 많은 연구는 우리나라 국고보조금의 기준보조율에 대한 투명성과 객관성에 문제가 있다는 점을 지적하고 있다. 특히 보조사업의 기준보조율은 보조금의 관리에 관한 법률 시행령에 규정된 121개 국고보조금 사업을 제외한 나머지는 모두 예산 당국에 의해 결정되고 있으며, 시행령상 유사 사업 간에도 기준보조율이 서로 다르게 나타나고 있기 때문이다. 따라서 국고보조사업의 보조율에 대해서는 전면적인 재검토와 재정비가 이루어져야 할 필요가 있다.

기준보조율의 재정비를 위해서는 국고보조금사업의 성격이나 규모를 살펴보아야 한다. 즉 국가적 사무의 성격이 약하거나, 국가 중점시책 정도와 공공재적 성격의 정도가 낮은 사무 등을 위한 보조사업의 보조율은 상대적으로 낮아야겠지만, 사업의 지역적 파급효과가 크거나 사업의 규모, 혹은 지방비부담의 규모가 큰 보조사업의 경우는 일반적으로 광역적 효과 및 조정이 필요한 사업이므로 국가의 재정적 부담의 정도가 높아야 한다. 따라서 이러한 사업에 대한 기준보조율은 상대적으로 다른 보조사업보다 높아야 할 것이다. 

특히 고려하여야 할 것은 복지서비스에 대한 보조율이다. 복지보조금 사업의 경우 일반적인 사업과는 성격이 다르므로 조금 다른 시각에서 기준보조율을 논의해야 한다. 이와 관련해 저자의 연구에서는 복지서비스에 대한 보조율 결정 시 3가지 기준을 제시하고 있다. 즉 소득재분배 기능이 있는가, 법적 근거는 어떠한가, 지방자치단체의 재량 여부는 어떠한가에 따라 보조율이 결정되어야 한다는 것이다.

마지막으로 지방자치단체의 자율성을 높이기 위해서는 국고보조사업의 포괄화가 요구된다. 포괄보조금이란 보조금으로 광범위하게 설정된 기능을 수행하도록 중앙정부는 법정 공식에 의해 보조금을 배분하고, 그 기능을 달성하기 위한 다양한 사업에 대한 선택은 지방정부의 자율에 맡기는 형태의 보조금을 말한다.

국고보조금제도는 다양한 목적을 이루기 위해 도입된 제도이므로 모든 보조금을 포괄화하기는 불가능하며 바람직하지도 않다. 하지만 지방자치가 발전함에 따라 장기적으로는 공식에 따라 배분하는 포괄보조금제도의 비중을 점차 증대하는 방향으로 제도가 개선되어야 할 필요가 있다.

지금까지 살펴보았듯이 국고보조금제도는 효율적인 자원 배분을 위하여 꼭 필요한 제도이나 다양한 문제점이 노정되고 있다. 따라서 문제점을 최소화하고 원래 의도대로 활용될 수 있도록 다양한 측면에서 개선이 요구된다. 이를 위해 더욱 심도 있는 논의와 합의가 필요한 때이다.